Prototype《基因任務(wù)》的敘事手法很特別，以倒敘與記憶片斷交錯(cuò)的方式構(gòu)筑出整段故事，看似破碎的故事其實(shí)環(huán)環(huán)相扣，首尾呼應(yīng)。以下劇情解析由主線劇情以及陰謀網(wǎng)絡(luò)（Web of Intrigue）歸納而成，強(qiáng)烈建議全破一輪后再行閱讀。我們先從游戲主線劇情開(kāi)始，將各章節(jié)與任務(wù)的劇情推展約略解釋一遍：

﹝以下嚴(yán)重透露劇情﹞

Episode 1

Memory in Death

教學(xué)任務(wù)，病毒擴(kuò)散的第18天。

Unexpected Family

病毒擴(kuò)散首日。有人在Penn Station釋放不明病毒。 Alex Mercer的尸體在解剖臺(tái)上蘇醒，對(duì)所發(fā)生的事情沒(méi)有任何記憶。吞噬Blackwatch追兵后，Alex Mercer記起自己有個(gè)妹妹，Dana Mercer。

Episode 2

Past and Present

Alex Mercer試圖回自宅尋找線索，向事件的原兇進(jìn)行復(fù)仇，卻正中Blackwatch的埋伏。

Behind the Glass

Dana從Alex的電腦中找到Elizabeth Greene這個(gè)名字。 Alex進(jìn)入Gentek設(shè)施后導(dǎo)致Elizabeth Greene脫逃，造成曼哈頓區(qū)第二波病毒感染。

Episode 3

The Wheels of Chance

Alex Mercer尋求前女友暨Gentek員工，Karen Parker的協(xié)助。

A New Order

Karen Parker發(fā)現(xiàn)感染源來(lái)自?xún)芍Р煌�的病毒株�?/p>

Episode 4

Open Conspiracy

核能空母USS Reagan抵達(dá)哈德遜灣（Hudson Bay），Blackwatch提高動(dòng)員層級(jí)。

In the Web

Blackwatch在市區(qū)內(nèi)大規(guī)模部署病毒偵測(cè)裝置。 Gentek主席Raymond McMullen提供Blackwatch可消滅Alex Mercer體內(nèi)病毒的病原體。

The Altered World

Alex Mercer擾亂病毒偵測(cè)裝置，意圖接近McMullen，結(jié)局以失敗收?qǐng)觥?/p>

Errand Boy

Karen Parker背叛Alex Mercer。 Alex Mercer被Blackwatch的隊(duì)長(zhǎng)Robert Cross注入病原體，喪失部分能力。

Episode 5

Under the Knife

病原體開(kāi)始寄生并侵蝕Alex Mercer。 Alex前往圣保羅醫(yī)院，找上同為前Gentek員工的Ragland醫(yī)生，請(qǐng)求他的協(xié)助。

The Stolen Body

Alex Mercer與Ragland醫(yī)生滲透進(jìn)軍事基地，調(diào)查Penn Station病毒感染者的遺體。

Biological Imperative

利用Hunter作為培養(yǎng)體，Ragland醫(yī)生成功制造出對(duì)抗病原體的抗體。 Alex Mercer恢復(fù)原先的能力。

Episode 6

The Door in the Wall

Dana被不明Hunter綁走。曼哈頓感染程度持續(xù)上升。

First and Last Things

Alex Mercer制服Leader Hunter。

The First Monster

Alex Mercer吞噬Leader Hunter，進(jìn)一步找出綁架Dana的變種hunter，將其吞吃后獲知Dana的所在。

Making the Future

利用軍方的火力，Alex Mercer進(jìn)入核心巢穴尋找Dana。

Children of Blacklight

核心巢穴的中心，是Blacklight病毒的核心帶原者Elizabeth Greene。 Alex Mercer將病原體注入Greene，卻被Greene排出體外，并形成Supreme Hunter。 Alex Mercer成功救出Dana，但她陷入昏迷。

Episode 7

Men Like Gods

一名身分不明的人士向Alex Mercer透露病毒的起源。同時(shí)，軍方從空中散布病毒抗體Bloodtox，并導(dǎo)入使用病毒技術(shù)的超級(jí)士兵。

Dream of Armageddon

軍方進(jìn)一步在地面部屬Bloodtox散布裝置。出于自保，Alex Mercer企圖顛覆Bloodtox的散布行動(dòng)。

A World Set Free

軍方打算利用特殊幫浦將Bloodtox打至地底，消滅躲藏的感染體。 Alex Mercer偽裝成士兵進(jìn)行護(hù)送。

Episode 8

Things to Come

幫浦就位，大量的Hunter與Hydra感染體從地底涌出。

On Instinct

躲藏在地底下的Elizabeth Greene現(xiàn)身，被Alex Mercer擊殺并吞噬。

Shock and Awe

Elizabeth Greene已被消滅，Alex Mercer企圖摧毀Bloodtox的生產(chǎn)設(shè)施，佯裝失手后與McMullen對(duì)質(zhì)。 McMullen為了不讓Alex Mercer奪取記憶，舉槍自盡。

Episode 9

The Last Man

Alex Mercer的匿名連絡(luò)人身分揭曉，他是Blackwatch的隊(duì)長(zhǎng)，Robert Cross。軍方開(kāi)始撤離紐約市，并打算在市區(qū)引爆核彈以消滅病毒。 Alex Mercer開(kāi)始追蹤地面部隊(duì)的領(lǐng)袖。

Two Tickets

Alex Mercer將抗命逃亡的Ian Taggart吞噬掉。 Alex變化為T(mén)aggart的外觀，與Cross兩人成功登上哈德遜港外的USS Reagan。

終章

One Thousand Suns

Alex Mercer吸收了主導(dǎo)者Peter Randall將軍。軍隊(duì)領(lǐng)袖與感染核心Elizabeth Greene都被消滅，扮成Cross的Supreme Hunter現(xiàn)出真面目，企圖吞噬Alex。消滅Supreme Hunter后，Alex將倒數(shù)引爆中的核彈載離紐約，沉入水底。核彈的威力將他炸飛，尸身的碎片在曼哈頓島上吸收其他生物體，Alex Mercer二度復(fù)活。

以上就是游戲的基本劇情流程，但是上述的敘述法有個(gè)致命的錯(cuò)誤：Alex Mercer早在游戲開(kāi)始前的Penn Station事件中就死了，自認(rèn)是Alex Mercer的男子，其實(shí)只是吞噬了Alex的尸體以及部分記憶的Blacklight實(shí)驗(yàn)病毒原型（prototype）。 Alex Mercer早就不存在了，玩家所操控的游戲主角，是以Alex Mercer的外觀與部分記憶作為預(yù)設(shè)值的「Prototype」生物體。故事的趣味由此而生：Prototype自以為是Alex Mercer，但是卻不知道真正的Alex Mercer究竟作了些什么、在整起生化災(zāi)難中扮演什么角色，它基于錯(cuò)誤的認(rèn)知而展開(kāi)復(fù)仇行動(dòng)，因而導(dǎo)致更大的災(zāi)禍。

那么，要理解整個(gè)《Prototype》的劇情，第一件事就是要弄清楚Alex Mercer的身分。

Alex Mercer究竟是誰(shuí)？

Alex Mercer是生物科技公司Gentek旗下的生化武器計(jì)畫(huà)之一，Blacklight（黑光計(jì)畫(huà)）的研究員。 Blacklight的目的是利用特殊生物樣本，也就是Elizabeth Greene，研發(fā)出針對(duì)性的病毒武器，是政府／軍方出資的黑計(jì)畫(huà)。由于Blacklight計(jì)畫(huà)風(fēng)聲走漏，軍方?jīng)Q定派出病毒／生化危機(jī)處理小組Blackwatch（黑色守望）將整個(gè)計(jì)畫(huà)封鎖，并處理掉所有的相關(guān)人事。 Alex Mercer察覺(jué)事情不對(duì)勁，便開(kāi)始私下調(diào)查，并且利用自己的妹妹，要求她從外部協(xié)助。

當(dāng)Alex發(fā)現(xiàn)軍隊(duì)將肅清Blacklight／Gentek后，他決定自保。他把收集到的資料（筆記型電腦）寄給妹妹，自己則把Blacklight病毒偷出實(shí)驗(yàn)室，認(rèn)為這樣就能要脅軍方。然而，Blackwatch在Penn Station找到了他，而且無(wú)意妥協(xié)；眼看自己無(wú)路可逃，注定命喪于此，Alex Mercer決定拖全紐約市的人一起陪葬，打破了裝滿Blacklight病毒的試管。雖然Blackwatch立即將他槍殺，但為時(shí)已晚，病毒已經(jīng)散布了出去，開(kāi)始感染紐約市民。 Alex Mercer當(dāng)場(chǎng)死亡，現(xiàn)場(chǎng)的高濃度Blacklight病毒吞噬了他的尸體以及零碎的記憶，成為Prototype（Blacklight原型體）。

Alex Mercer的尸體是Prototype第一個(gè)吞噬的對(duì)象，因此他的外觀成為Prototype的預(yù)設(shè)外表；而且，就和游戲中Prototype吞噬其他人所獲得的記憶片斷一樣，Prototype只取得了Alex Mercer一部分的殘余記憶（乃至于人格），這也就是游戲開(kāi)始時(shí)Prototype／偽Alex Mercer會(huì)「失去記憶」的原因。 Prototype對(duì)失去記憶／病毒感染的始作俑者懷抱著的莫名復(fù)仇心，也能從Prototype還殘存著Alex Mercer生前對(duì)Gentek／軍方抱持的畏懼與恨意來(lái)解釋。

Elizabeth Greene又是誰(shuí)？她和Blacklight（Prototype）有什么關(guān)系？

1963年，美國(guó)軍方在愛(ài)達(dá)荷州的荷普鎮(zhèn)（Hope，Idaho）進(jìn)行特殊進(jìn)化病毒實(shí)驗(yàn)，以動(dòng)物作為實(shí)驗(yàn)對(duì)象。 1964年，軍方開(kāi)始人體實(shí)驗(yàn)，將病毒（日后的Blacklight）注入所有荷普鎮(zhèn)民的體內(nèi)，原本的目的只是為了開(kāi)發(fā)出可針對(duì)特定人種／種族生效的病毒武器。起初沒(méi)有任何的變化（除了1965年出生的嬰兒體內(nèi)出現(xiàn)分化的新種病毒），直到1968年，鎮(zhèn)民開(kāi)始出現(xiàn)奇異的集體行為，接下來(lái)全鎮(zhèn)瞬間陷入病毒感染，感染的核心就是19歲的Elizabeth Greene。軍方殺害了所有的感染者，只留下Elizabeth Greene，并將她拘禁起來(lái)，繼續(xù)病毒研究。作為19歲高加索人種女性的Elizabeth Greene已經(jīng)不存在，軍方／Gentek所囚禁的是具有Elizabeth Greene外觀的Blacklight病毒綜合體，這個(gè)病毒綜合體擁有集體意識(shí)，能控制其他的感染者，與荷普鎮(zhèn)的情況相同。

由劇情中Karen Parker發(fā)現(xiàn)兩種病毒來(lái)研判，Alex Mercer竊走Blacklight的病毒應(yīng)該是Elizabeth Greene體內(nèi)Blacklight母株的分支、變種或改造株，這也是Elizabeth Greene對(duì)Prototype／偽Alex Mercer說(shuō)「我是你的母親」的原因。

Elizabeth Greene于1969年感染爆發(fā)時(shí)懷有身孕，她與她的兒子（代號(hào)Pariah）在荷普鎮(zhèn)事件后均為軍方所接管。荷普鎮(zhèn)鎮(zhèn)壓行動(dòng)的負(fù)責(zé)人為現(xiàn)今時(shí)間點(diǎn)鎮(zhèn)壓紐約感染的Peter Randall將軍，時(shí)為中尉，當(dāng)時(shí)他因?yàn)樽笫衷诮佑|Elizabeth Greene／Pariah時(shí)遭到感染，而自斷一臂。

Karen Parker不是Alex Mercer的女友嗎？為什么會(huì)突然背叛他？

Karen Parker和Alex Mercer都是Gentek的員工，在Gentek創(chuàng)辦人Raymond McMullen手下工作。感染爆發(fā)后，Karen Parker成為軍方肅清的對(duì)象，逃亡失敗而被Blackwatch捕獲。為了自保，她和軍方合作，利用Prototype記憶里殘存的愛(ài)情印象，臥底監(jiān)控Prototype的行動(dòng)。她并沒(méi)有背叛Alex Mercer；她很清楚Alex Mercer已經(jīng)死在Penn Station。出現(xiàn)在她面前、向她求援的是病毒綜合體Prototype。

在游戲中，玩家達(dá)成特定條件后可以找到Karen Parker，向她復(fù)仇。

Ragland醫(yī)生是誰(shuí)？為什么他會(huì)知道Prototype／偽Alex Mercer身上的病毒，而且還能制作抗體？

Bradley Ragland是生醫(yī)領(lǐng)域的專(zhuān)家，曾因?yàn)榫芙^為Gentek工作而被全面封殺。他后來(lái)轉(zhuǎn)而進(jìn)入病理學(xué)界，在圣保羅醫(yī)院擔(dān)任病理學(xué)家，長(zhǎng)達(dá)十年。曼哈頓爆發(fā)病毒感染后，他率先察覺(jué)事有蹊蹺，試圖回報(bào)疾病通報(bào)體系，卻被軍方／Gentek暗中阻撓。他想帶著病毒樣本逃出紐約時(shí)遭到Blackwatch攔截，Raymond McMullen（McMullen當(dāng)年封殺Ragland在生醫(yī)界的前途）允許他繼續(xù)研究病毒，條件是不得向外通報(bào)或泄漏任何有關(guān)Blacklight的消息。

Cross為什么最后會(huì)變成Supreme Hunter？他何時(shí)被感染／吸收的？ Supreme Hunter到底是什么鬼玩意？

Supreme Hunter源自用來(lái)對(duì)付Prototype的病原體。 Robert Cross用針筒將病原體注入Prototype／偽Alex Mercer的體內(nèi)，開(kāi)始以寄生體的方式侵蝕Prototype。但Prototype藉由Ragland的協(xié)助，將寄生體排出體外，這支寄生體后來(lái)被Prototype當(dāng)成對(duì)抗Elizabeth Greene的武器，但是卻無(wú)法產(chǎn)生效用。病原體被Greene轉(zhuǎn)化后排出體外，成為Supreme Hunter。

它具備吞噬與吸收的能力（極可能是因?yàn)榧纳鶳rototype而來(lái)），這點(diǎn)可以從與Prototype首戰(zhàn)之后，Supreme Hunter碎裂的尸塊仍具生命力而得知；雖然游戲中沒(méi)有明確透露Robert Cross被吸收的時(shí)間點(diǎn)，但Cross開(kāi)始匿名接觸Prototype前極有可能已被感染／吸收，而且是被Supreme Hunter吞噬。

首先，游戲過(guò)場(chǎng)中Cross在感染者的感染視覺(jué)中呈現(xiàn)被感染的亮黃色，表示Cross已被感染；再者，Prototype／偽Alex Mercer與Cross兩人在過(guò)場(chǎng)中討論他被寄生的經(jīng)過(guò)時(shí)，Cross問(wèn)Prototype「有沒(méi)有想過(guò)寄生體是否有感覺(jué)」這件事，可以推測(cè)出Cross與寄生體／病原體／Supreme Hunter的關(guān)聯(lián)。同時(shí)，「寄生體是否有感覺(jué)」這句話透露出Supreme Hunter和Prototype一樣具有個(gè)體意識(shí)，不受Greene／感染者集體意識(shí)操控－－它與Prototype合作消滅Elizabeth Greene與軍隊(duì)，是出自個(gè)體利益與自我生存的考量:除去潛在的操控者（Greene）與威脅（軍方）后，再吞噬Prototype，Supreme Hunter便能擁有獨(dú)一無(wú)二的力量，確保自己的生存。

游戲的結(jié)局就這樣沒(méi)了？ Dana Mercer呢？

游戲的尾聲，Prototype認(rèn)清了自己并非Alex Mercer，也不僅是Alex Mercer；他自認(rèn)承載所有被吞噬者的記憶，也背負(fù)起所有被吞噬／殺害者的性命，并一肩扛起Alex Mercer感染Penn Station乃至全紐約的罪孽。 Dana Mercer狀況不明，不過(guò)既然Prototype已經(jīng)認(rèn)清自己不是Alex Mercer／Dana Mercer的兄長(zhǎng)，會(huì)刻意回避Dana是可以理解的。

Prototype雖然暫時(shí)脫離軍方掌控，但Blackwatch／軍方手中仍然有Elizabeth Greene之子，Pariah，Blacklight的研究仍可繼續(xù)。